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早在 2006 年北京协和医院在国内率先设立痛风专科门诊，曾学军教授曾先后组织并参与多个降尿酸的上市前后研究。课题组是国内蕞早开展规范化关节穿刺核实临床诊断痛风的团队，多次获得行业基金等项目支持开展高尿酸血症和痛风的相关研究，开展流行病学、医生诊疗行为医学、疾病治 疗规范制订与推广、以及卫生经济学等研究。
曾学军教授在多项首发基金连续十年支持下开展大型综合医院与社区医疗机构合作模式的研究。2005年始主持《社区中老年人健康管理规范》的制订和推广，成为国家公共卫生规范项目之一，并于2015年成为国家推荐标准。
北京协和医院风湿免疫科科室承担或参与完成了数十项国家和部委的科研课题，主持和参与众多国际、国内多中心临床研究以及高质量单中心临床研究，发表数百篇SCI收录论文，主持制定多项风湿免疫病领域临床诊断和指南，先后获得12项国家及省部级奖励，包括3项国家科技进步奖，出版学术专著多部。为开展具有管理科学、规范的、符合国际一 流水平的全国大规模多中心自身免疫病临床研究奠定了坚实的基础。
今天的北京协和医院风湿免疫科，是医疗、教学、科研齐头并进的科室典范，连续12年蝉联复旦版《中国医院专科声誉排行榜》风湿专科榜首，连续9年在《中国医院/中国医学院校科技量值（STEM）》风湿病学与自体免疫病学中排名第 一，是中国风湿病学领域当之无愧的“领头羊”。