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曾学军教授在多项首发基金连续十年支持下开展大型综合医院与社区医疗机构合作模式的研究。2005年始主持《社区中老年人健康管理规范》的制订和推广，成为国家公共卫生规范项目之一，并于2015年成为国家推荐标准。
在医疗实践的同时，曾学军教授致力于临床医学教育，任美国内科医师学会（ACP）Fellow、美国医学研究所（IOM）中国医学教育代表。曾荣获北京市高等教育改革二等奖、 “住院医师心中好老师”、北京市师德先进个人、北京协和医学院教学名师等荣誉，带领普通内科获得2015年北京协和医学院教学团队称号。2019年2月入选十大社区健康促进首 席专家。
北京协和医院风湿免疫科作为我国风湿学病专业发展与人才培养的蕞早基地之一，自1980年建科历经四十多年风雨，集医疗、科研、教学为一体，不断提高风湿病学诊断水平，推动国内风湿病学的发展。科室树立了以科研为龙头，教学为基础，医疗为根本的发展理念开展工作。目前全科46人，其中老专家3人，现有国家人事部留学归国人员科研基金（包括海外）获得者4人，政府特贴专家人3人，主任医师11人，博士生导师12人，副主任医师10人，硕士生导师12人，高级职称24人，中级15人，以及各类专业技术人员22人。临床40岁以下的青年医师中100％具有博士学位，80%具有在西方发达国家实验室工作进修的经历。目前有10位在全国学会任职包括中华医学会风湿病学分会主任委员、侯任主任委员以及中国医师协会风湿免疫科医师分会会长、副会长等，北京医学会任职10人。科室年门诊量超过13万人次，床位68张，为全国各地的危重疑难风湿病人服务。
北京协和医院风湿免疫科科室承担或参与完成了数十项国家和部委的科研课题，主持和参与众多国际、国内多中心临床研究以及高质量单中心临床研究，发表数百篇SCI收录论文，主持制定多项风湿免疫病领域临床诊断和指南，先后获得12项国家及省部级奖励，包括3项国家科技进步奖，出版学术专著多部。为开展具有管理科学、规范的、符合国际一 流水平的全国大规模多中心自身免疫病临床研究奠定了坚实的基础。